主要职能是：贯彻执行《兽药管理条例》及有关政策法规；依法检查监测市内有关单位、个人遵守国家兽医卫生行政法规情况，纠正和制裁违反兽医卫生行政法规行为，受理兽医卫生行政案件，鉴定裁决兽医卫生技术争议，调解裁决有关索赔案件；会同有关部门对饲养、生产经营畜禽及其产品的场所、设施进行检验；负责有关兽医卫生监督证书、证章核发管理工作；同时负责全市兽药质量监督检验、技术仲裁。调查了解全市兽药生产、经营使用情况。

    乌兰察布市动物防疫监督检验所为农牧业局所属相当科级事业单位。事业编制25名，科级领导职数2名（1正1副），经费实行全额拨款。