利用害虫的习性进行防冶。1、对菌蚊进行人工捕捉。2、将发生瘿蚊的菌袋放在阳光下暴晒1－2小时或撒上石灰粉。
    水浸法防治。瓶栽和袋栽的可将水注入瓶、袋内，块栽的可将栽培块浸入水中压上重物，浸泡2-3小时。浸泡后的瓶、袋沥干水后放回原处。  
    诱杀。1、对蚊虫蛾用黑光灯或节能灯诱杀。方法是在灯下的盆内放入0.1％的敌敌畏，害虫落入盆中即被杀死。2、对黏虫可在强光灯处放置涂抹了40％聚丙乙烯的粘虫板。
    曲霉的防治。1、及时清除废料。2、瓶装料时不能与瓶接相接。装瓶完毕后洗净瓶口除去杂物，保持棉塞清洁。3、施用5毫克／升的多菌灵，但必须在蘑菇采收完后施用。
    绿霉的防治。1、降低菇房的温度和湿度，加大通风量，用草木灰覆压有霉菌的地方，阻止霉菌孢子飞扬。2、取生石灰9份，多菌灵一份，水适量拌匀，灌刷霉菌处。3、生料栽培时，每100公斤干料中添加克霉灵100克，可彻底防止霉菌滋生。4、在霉菌处撒上高锰酸钾颗粒后在其外围喷水。5、用5％的石灰水浸泡霉菌，待霉菌消失后排除石灰水，补上新料。6、在霉菌处涂刷95％的酒精或火油，点火将其烧掉，然后挖除，填补新料。
    对细菌的防治。1、培养基灭菌要彻底，灭菌时温度、压力、时间要达到要求。2、培养基做好后，在30℃的培养箱内放置一天后再用，以确保无细菌感染。3、培养基内可加入抗生素，一般以每毫升100-200单位为宜。